公司内部举报制度优势在于两点：第一，企业内部往往最易发现企业中存在的违法违规行为，生产、销售、财务、法务等部门员工对本行业及部门存在的不当行为最为了解，而不当行为被揭露的越早，公司法律风险和经济损失发生的可能性也越小；第二，企业内部举报是衡量公司内部合规制度完整性和有效性的重要标准之一。内部举报制度的有效建立可使公司及时了解企业经营发展过程中存在的合规问题，并能迅速进行展开调查、应对，这也能使公司避免未来面临“失控”的局面。
在合规体系建设中，必须在合规人员与所有员工之间建立和维持有效的沟通渠道，该渠道即包括内部举报投诉程序。开放的沟通渠道可以增进员工对管理层的信任，进而对公司经营产生正面影响。某项调查指出 ，积极使用内部报告系统的公司面临的重大诉讼较少，和解金额也低于忽视或较少使用该渠道的公司。如果不当行为被提前报告，则企业可以在问题严重化和扩大化前妥善解决，这也减少了未来可能给企业带来的诉讼成本。
